肿瘤免疫治疗（Cancer Immunotherapy）核心问题：T细胞如何识别肿瘤？

T细胞并不直接识别癌细胞本身，而是通过主要组织相容性复合体（MHC，亦称HLA）呈递的肽段，间接判断细胞是否“异常”。因此，识别并解析HLA呈递肽段，尤其是那些源自癌基因突变、异常表达或病毒整合的“癌症抗原肽”，就成为构建肿瘤疫苗、TCR-T细胞疗法等免疫策略的前提。而实现这一目标的关键技术之一，正是HLA肽组学（Immunopeptidomics）。

一、什么是HLA肽组学？

HLA肽组学，是指以质谱为核心手段，系统性解析HLA分子在体内呈递的内源性肽段（通常为8-12个氨基酸）的研究技术。这些肽段代表着细胞代谢状态、突变情况和抗原负荷，是T细胞识别的“分子身份证”。HLA肽组学解决的问题不是“有哪些蛋白表达”，而是——“这些蛋白最终是如何被切割、加工，并呈递给T细胞看的？”

二、HLA肽组学如何“直观还原”真实抗原呈递？

1、免疫亲和纯化 + 质谱解析

利用特异性抗体从细胞表面富集HLA-I/II复合物，释放其中的结合肽段，并通过高分辨率质谱（如Orbitrap Exploris 480）直接鉴定其序列，是HLA肽组学的基本流程。相比计算预测，这种方法具有：

（1）原位识别真实存在的抗原肽

（2）捕获突变肽段（Neoantigens）

（3）识别来自病毒、转座子等非典型源的肽段

百泰派克生物科技已建立稳定高通量的HLA肽纯化与检测流程，兼容多种样本类型（细胞系、肿瘤组织、PBMC等），并具备低起始量（百万级细胞）处理能力。

2、聚焦“新抗原”（Neoantigen）

新抗原是来源于肿瘤特有突变或融合基因的新生肽段，具备“仅肿瘤表达、不存在于正常组织”的优势，是T细胞免疫识别的理想靶点。HLA肽组学通过将质谱数据与患者WES/RNA-seq等基因组信息整合，可实现：

（1）个体化新抗原挖掘

（2） 多个突变位点肽段并行验证

（3）“优先呈递”肽段的免疫原性评估

这为个性化癌症疫苗设计与TCR-T细胞工程提供了关键支撑。

3、跨越预测误差

当前多数抗原筛选仍依赖于HLA结合预测算法（如NetMHCpan），但仅有10–20%的预测肽段可被实际呈递。HLA肽组学提供“实验实锤”，有效避免开发“预测靶点”却无法激活免疫反应的失败案例。

4、发掘修饰肽、非标准抗原

部分癌症相关抗原并非源自经典蛋白翻译，而是：

（1）非编码区翻译产物（uORFs、lncRNA等）

（2）翻译后修饰（磷酸化、甲基化）调控的肽段

（3）裂解产生的杂合肽（spliced peptides）

三、应用价值：HLA肽组学赋能癌症免疫精准化

百泰派克生物科技：HLA肽组学一站式服务

我们提供完整的HLA肽组学科研服务链条，覆盖从实验设计到数据解读的全流程：

（1）高亲和HLA复合物富集流程，提高弱表达肽段检测率

（2）质谱平台：Orbitrap Exploris + nanoLC系统，支持大规模样本并行分析

（3）生信分析：HLA分型+突变肽匹配+免疫原性打分

（4）多组学整合：融合转录组、蛋白组、单细胞数据，精准定位关键抗原源头

（5）合作定制开发：支持TCR-T项目靶点共建、疫苗设计验证等产业化落地

在肿瘤免疫治疗日趋个性化、精准化的当下，仅靠预测已难满足临床研发需求。HLA肽组学正以其实验验证性、高灵敏度、广覆盖度的优势，将我们带入肿瘤真实抗原呈递的分子视界。百泰派克生物科技致力于推动HLA肽组学的科研与应用落地，为新抗原发现、免疫靶点开发和T细胞工程等方向提供专业支持，助力科研团队站在癌症免疫的技术前沿。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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